Comme d’autres prieurés bénédictins, le Prieuré Saint-Nicolas, souffre d’un déclin spirituel et matériel. La sécularisation et les guerres conduisent à son abandon par les moines. Un prêtre continue toutefois à y officier.
Le hameau de Saint-Symphorien, souvent coupé du reste du village en raison des crues de la Guye, connaît un déclin démographique. Les activités paroissiales et objets sacrés sont transférés vers la chapelle du château.
Avant cela, il a fallu agrandir la nef pour pouvoir accueillir l’ensemble des paroissiens. La chapelle Notre-Dame
devient alors la deuxième église paroissiale.
Dans un premier temps, le cimetière de Saint-Symphorien reste en activité jusqu’à son abandon vers 1690 au profit de celui du château. De Saint-Symphorien, il ne subsiste aucune trace visible. Le hameau et son église ont totalement disparu du paysage.
La Bourgogne se fait royale
Après le décès du duc Charles le Téméraire en 1477, une lutte pour la Bourgogne s’engage entre Louis XI de France et Marie de Bourgogne. Cette confrontation aboutit à l’intégration du duché au royaume de France en 1493. Si son histoire se mêle alors à celle de la France, la Bourgogne maintient une certaine autonomie, préservant ses propres États et son Parlement à Dijon jusqu’à la Révolution française.
Les Guerres de Religion (1562-1598)
Les guerres de religion causent de multiples tensions politiques et religieuses, opposant catholiques et protestants. Henri IV y met un terme en promulguant l’édit de Nantes, qui établit la liberté de culte pour les protestants tout en affirmant la prééminence du catholicisme. Cependant, le conflit est dévastateur, ébranlant ainsi profondément l’autorité de la monarchie.
Vers une monarchie absolue
Louis XIV, surnommé le Roi-Soleil, consolide le pouvoir royal par des réformes qui lui donnent un pouvoir quasi-total sur l’Etat. Il domine l’Europe par sa puissance politique, militaire et culturelle. Mais les guerres incessantes qu’il mène tant à l’intérieur qu’à l’extérieur érodent les finances du royaume et causent de nombreuses pertes humaines.